Es la evaluación de la actuación de una entidad a la luz de factores de desempeño que se consideran críticos para cumplir con su "misión", en los términos de la "visión" que se haya adoptado para lograr tal misión.

La Auditoría al Desempeño sólo analiza lo que sea decisivo o crítico para el cumplimiento de la misión y de la visión. Se enfoca prácticamente al análisis de los resultados de la entidad, con respecto al logro de los factores críticos de desempeño.

Es la evaluación multidisciplinaria, independiente y con enfoque de sistemas, del grado y forma de cumplimiento de los objetivos de una organización, de la relación con su entorno, así como de sus operaciones, con el objeto de proponer alternativas para el logro más adecuado de sus fines y/o el mejor aprovechamiento de sus recursos.

La Auditoría Integral tiene un enfoque holístico sobre la entidad, en la que la analiza como un todo y también a cada una de sus partes. De esta forma comprende a toda la operación de la entidad y evalúa también su relación con el entorno.

Consiste en realizar una valoración objetiva del desempeño de las dependencias, entidades, instituciones, organismos, políticas públicas proyectos y programas presupuestarios del gobierno federal, estatal y municipal, con base en indicadores de desempeño, relacionados con eficiencia, eficacia, economía, la calidad en la administración pública y el impacto social del gasto, que permitan conocer los resultados de la aplicación de los recursos públicos y su impacto social, con el objeto de orientar futuras asignaciones presupuestarias (presupuesto basado en resultados).